A pesar de que se parezcan de muchas manera, el sistema de archivos en Linux ha tenido algunas diferencias considerables, aquí algunas:
- En Windows los sistemas de archivos son representados por letras. Por ejemplo C: es el disco duro, X: puede representar una unidad de red, E: puede representar la lectora de DVD y F: un disco portátil USB. En Linux todos los discos están incluidos dentro de la jerarquía del sistema de archivos. De hecho una partición como /usr (donde se guardan los comandos mas usados de Linux) puede estar en un disco y el /home (donde se guardan los archivos de usuario) en otro disco.
- Se usa la barra diagonal (/) en vez de la barra invertida (\) para separar nombres de directorios en Linux. De esta manera, C:\home\juan de Windows, seria un /home/juan en un sistema Linux.
- Los nombres de archivo en Windows tienen sufijos o extensiones, tales como .txt, .exe, .doc. Estos no son usados y no tienen significado en Linux. Sin embargo, pueden ser usados para identificar cierto tipo de archivos.
- Cada archivo y carpeta en un sistema de archivos en Linux tiene permisos de usuario y grupo asociados al mismo. La seguridad varia un poco en este sentido con Windows. Debido a que Windows comenzoc omo un sistema mono usuario. Los permisos de archivo no fue construido en estos sistemas. Desarrollos posteriores agregar funcionalidades como atributos de archivo o carpetas para manejar esta carencia.